Lorsque des troupeaux sont régulièrement attaqués, malgré le triptyque, et que des foyers d'attaques se dessinent, la protection active peut être mise en place. La brigade loup de l'ONCFS intervient alors pour effectuer des tirs de défense autour de ces troupeaux afin de briser la répétition de ces attaques, voir de supprimer l'intérêt du loup pour celui-ci. Dans d'autres cas, si le loup représente une menace trop importante pour les activités d'élevage, le préfet peut autoriser des dérogations de tirs létaux. Le quota, actuellement de 36, est calculé de sorte qu'il ne mette pas en péril l'espèce. Chaque loup tué est inventorié pour respecter le quota fixé. 

     Depuis 1993, le Ministère de l'environnement a volontairement mis en place un système d'indemnisation des éleveurs à chaque attaque de moutons du au "loup non exclu". Lors des constatations de dommages effectuées par les techniciens de l'ONCFS, un contrat est réalisé, puis, suite à une procédure administrative passant d'abord par le préfet jusqu'au ministère, l'éleveur peut être indemnisé.

L'indemnisation prend en compte trois éléments.

Tout d'abord, les pertes directes. Autrement dit, la valeur de remplacement de l’animal selon son coût réel sur le marché, la perte de la production et sa facilité de remplacement.

Ensuite, les animaux disparus pendant l'attaque notamment lors des chutes des falaises sont calculés sur 20% des pertes directes.

Enfin, les pertes dites indirectes, servant à compenser la baisse de la production du au stress post-traumatique suite à l'attaque (avortements, maladies, diminution de la production de lait, perte de poids). Afin d'étudier cet impact, des études sont menées afin d'évaluer les conséquences sociologiques et économiques sur le troupeau après l'attaque d'un loup. 

Selon l'âge, le sexe et la fonction du mouton (destination laitière ou viande), un montant d'indemnisation est fixé. Ce montant peut aller de 80 pour les agneaux à 520 € pour les béliers et les femelles âgées à destination laitière.