Le loup est l'un des carnivores possédant la plus grande aire de répartition dans l'hémisphère nord. Au 18ème siècle, sa population était de 10 à 20 000 loups.

Suite à son extinction dans les années 30, le loup est revenu de manière naturelle en France. Sa population actuelle d'environ 300 loups, correspond à 5% de sa population au début de la période industrielle.  Le loup fait donc partie intégrante de la biodiversité européenne en tant que super-prédateur et seul, avec le lynx et l'ours dans une certaine mesure, à pouvoir réguler la faune sauvage. La présence de nombreux ongulés, son statut protégé et l'augmentation des surfaces boisées a pu permettre la recolonisation du loup. Les premières années ont été marquées par une baisse des ongulés sauvages. Lorsque les ressources diminuent, le loup régule alors sa population suite à une mortalité des jeunes loups permettant ainsi un équilibre entre le prédateur et ses proies. Sa présence change les comportements des ongulés qui deviennent plus vigilant, un comportement normal pour ces espèces. Par son activité, le loup aide à la dispersion de l'espèce qui, sans quoi, causerait de nombreux dommages aux couverts végétaux. La France compte 1.5 millions de chevreuils, 150 000 cerfs, 1 million de sangliers... et leurs populations sont en hausses, en témoigne les quotas de chasse qui ne sont jamais atteint. Les ongulés sauvages sont donc en nombre important et ne devrait pas causés de préjudices aux chasseurs. Le loup étant juste un concurrent et un régulateur en plus. 

    Le loup n'est donc qu'une espèce parmi d'autre qui ne devrait pas, d'après l'association FERUS, "servir de bouc-émissaire de la filière ovine. De plus, une espèce animale ne doit pas être sacrifiée pour assouvir la haine et les intérêts de quelques uns, ni être utilisée à des fins politiciennes. ". 

     Vingt ans après la recolonisation de loup, les Alpes apparaissent comme le seul noyau de reproduction alors que sa présence est avérée dans les autres massifs montagneux. Un seul et unique couple ne peut constituer à lui seul un noyau de reproduction. Afin de comparer la situation, nous pouvons étudier le cas de l'Allemagne qui a vu réapparaître le loup en 2000 sur son territoire compte 31 meutes contre 29 en France à l'issu de l'été 2014 selon l'ONCFS.

     Malgré cette faible expansion du loup, le quotas de tirs de loups et les dérogations accordées augmentent, s'ajoutant au risque déjà présent du braconnage. Cela contribuerait à une faible croissance de la population de loup. Si celle-ci devrait s'accroître de 20 à 30% par an, celle-ci n'est que de 10 à 15%.

Pour les associations, il est clair que le gouvernement français souhaite une forte régulation du loup et voir même son extinction afin de préserver les activités pastorales. En 2015, plusieurs associations de CAP LOUP dont FERUS ont ainsi portées plainte contre la France face à la Commission Européenne. 

    Pour appuyer leurs dires, les associations se sont basées sur les résultats de plusieurs études montrant que la stratégie de gestion de l'État français va à l'encontre de la conservation du loup.

Tout d'abord, l'étude "Predator control should not be a short in the dark" menée par des scientifiques internationaux venant des États-Unis, de Slovénie et d'Afrique du Sud montre que les prélèvements de loups sont contre-productifs.

Six cas ont été étudiés. Quatre d'entre eux visaient des troupeaux protégés par des chiens et des systèmes d'effarouchement où le nombre d'attaque a diminué. Dans les deux autres, en Amérique du Nord et en Slovénie, des tirs létaux ont été mis en place. Dans le premier, les attaques ont aussi diminuées, dans le deuxième, cela n'a eu aucun effet. 

Leurs résultats montrent que cette méthode ont pour effet d'aggraver les problèmes existants. Dans 43%, les abattages n'ont pas d'utilité, dans 29% ils accroissent les attaques, dans 23% ils les réduisent. La mort d'un animal désorganise ainsi la meute qui doit revoir toute sa hiérarchie. Le nombre d'attaque augmente alors car les loups ne reconnaissent plus les dominants et les dominés et peuvent agir sans le guide (le mâle alpha) qui repère et choisit les moments de chasse. D'autres loups viendront aussi remplacer les loups abattus. Les méthodes de protection obtiennent des résultats bien meilleurs avec, pour 80% des cas étudiés, les attaques ont été réduites. 

     Ensuite, suite à une expertise scientifique collective de l'ONCFS et du Muséum d'Histoire Naturelle commandée par le Ministère de l'Environnement, il a été montré qu'à partir d'un taux de mortalité de 34% la population de loup déclinera. Les chercheurs s'interrogent aussi des effets des tirs létaux sur la prédation car les bienfaits n'ont pas été prouvés et seraient au contraire contre-productifs. Dans tous le cas, les taux de prélèvement ne devrait pas dépasser 10% de la population pour qu'elle puisse rester stable, hors, ce taux serait à 14%, d'où la stagnation des effectifs depuis 2015. Pour Yvon le Maho du CNRS, nous sommes dans un seul critique qui met en péril la survie de l'espèce. Cette année sera déterminante car si la population est encore stable, les quotas de tirs devront être réduits. Cette année, l'expertise scientifique collective a ainsi déclaré sur le devenir de la population de loup en France "A partir de travaux récents en écologie de la faune et en sciences sociales, suggèrent que les méthodes non létales pour réduire les dégâts sur les troupeaux seraient plus efficaces et plus justifiables que les tirs de prédateurs. Nous ne pouvons qu'encourager les approches complémentaires." 

     Les associations tiennent également à répondre aux bergers déclarant que les loups torturent les moutons, que celui-ci ne torture pas plus sa proie que les autres prédateurs. Les conditions de transport et d'abattage cause beaucoup plus de souffrance aux ovins que l'attaque d'un loup qui est un processus écologique normal. Chaque année, 400 000 à 500 000 moutons sont envoyés à l’équarrissage car morts de maladie, de parasites, d'accidents et donc impropres à la consommation contre plus de 9000 victimes du loup. D'autres encore disparaissent sur les alpages ou chutent des falaises. On estime ainsi que pour un mouton tué, 50 à 100 autres meurent d'après les naturalistes de CAP LOUP.

De plus, les éleveurs étaient déjà en difficultés à cause de la mondialisation et ne survivaient que grâce aux subventions de l'État qui représentent les 2/3 de leurs revenus, en dehors des aides du loup. "Une espèce protégée ne peut donc servir de caution pour faire oublier les difficultés de fond de la filière agricole" (FERUS).

Enfin, le pastoralisme a contribué à la réduction des espaces boisés et à l'érosion. Les troupeaux sont de plus en plus grands. Les alpages sont inégalement entretenus avec des zones utilisées pour le cheptel et d'autres laissées à l'abandon. 

La faune et flore existaient avant l'arrivée du bétail et ne fait que s'adapter aux périodes où l'espace est plus ou moins forestier ou en prairie. A noter que les espèces sont plus nombreuses et diverses dans une forêt que dans une prairie de pâturage. Les traitements anti-parasitaires sur les moutons contribuent à baisser le nombre d'espèces d'insectes.